《天外世界2》最惊艳的地方在于玩家的选择在每个层面都会带来影响，在本作中属性系统被暂时搁置了，取而代之的是更重要的技能设计，总共有12项技能，包括工程、爆破、枪械和骇客以及领导力等老技能。玩家可以从大约90项特长中进行选择，部分特长需要达到一定技能等级才能解锁，并将显著影响战斗对话探索等方面。例如有一种特长允许在冲刺或滑铲的过程中瞄准射击和换弹，还有像连环杀手或精神变态这样的特长，专为暴力风格的玩法设计，又比如太空游侠特长可将口才技能点转化为战斗中的额外伤害。
这些特长不仅影响战斗本身，还会影响在对话或环境观察中能察觉到的信息，从而强化角色构建与玩法风格。此外还有特制系统，它为角色叠加了一些通过特长无法获得的永久性影响，但如果想选择更多正面特质就必须也接受负面特质。像愚蠢这样的负面特质，它会让12项技能中有五项永远无法加点，又或者是体弱多病会降低生命值和抗毒能力。
取舍之间充满策略性，和初代一样系统会根据行为提出选择机会，可以接受某种负面影响从而换取永久加成。《天外世界2》把这个系统做得更深了，不再只是获得一点特长点数，而是会触发具备特殊状态效果和条件的缺陷带来重大影响。
比如向阳症缺陷在白天户外拥有生命恢复能力，但会因为强烈眩光而大幅降低命中率，这一效果由多次直视太阳触发。又比如口无遮拦，如果习惯跳过对话选项它会提供永久经验加成，但之后必须在15秒内完成所有对话选择，否则系统会自动替你做决定，可能会带来意料之外的剧情走向。并且这次在主线任务之外将无法重置角色加点，所以构建角色时必须更加谨慎。
《天外世界2》更注重系统之间的多样性与联动，比如引入了真正的潜行机制，包含更好的侦测系统刺杀机制，以及符合前行逻辑的任务设计。甚至还有伤害提示条，可以预判潜行攻击能打掉敌人多少血量，还可以使用一种名为n-ray扫描仪的新道具，可以透视墙体侦测敌人或隐藏物品，但它会消耗类似法力值的能量。该作的战斗节奏更加流畅，敌人AI更聪明种类也更加丰富。同时也取消了动态等级等机制，采用静态等级系统，使关卡和敌人设计更有针对性提升整体成长体验。
