去枯叶市的圣安奴号轮船上找船长拿到居合斩，并让队伍里的宝可梦学会这个技能用来砍掉挡路的小树。回到尼比市后不要去博物馆正门，而是顺着博物馆建筑的右侧墙壁往上走，会发现那里有一棵挡路的小树。使用居合斩把树砍掉后就能从博物馆右侧的侧门进入一个单独的房间，进入房间后会看到一个穿着白大褂的科学家站在展示柜后面。直接上前与他对话，他会告诉玩家这块琥珀里含有古代宝可梦的基因，并决定把它送给玩家，这时候就能在背包的重要道具栏里看到秘密琥珀了。
拿到秘密琥珀后，它在很长一段时间内都只是一个死物，无法直接发挥作用，必须等到获得秘传机冲浪并前往红莲岛后才能用到它。红莲岛位于关都地区的西南角，也就是第七个道馆所在地，在红莲岛道馆左侧有一座破旧的建筑叫做宝可梦研究所，这里有很多研究化石的专家。需要进入最右边的那个房间，找到最深处的一名研究员，和他对话后他会提议帮玩家把琥珀里的古代生物复原出来。
在把秘密琥珀交给红莲岛的研究员后，复活并不是瞬间完成的，需要离开这个房间，甚至离开研究所去外面随便逛一逛，或者去岛上的宝可梦屋练练级。过一段时间再回来找他，他就会把复活成功的宝可梦交给玩家，通过秘密琥珀复活出来的宝可梦是化石翼龙，它在复活时的初始等级是五级。化石翼龙是岩石系和飞行系的宝可梦，速度很快而且攻击力很高，是这一世代中非常强力的宝可梦。
