在应天府和苏州府的中后期阶段玩家就可以建造炼丹炉来生产丹丸了，用炼丹炉来生产丹丸需要有着稳定的木炭与草药供应，以及安排高农牧和高制造属性特殊居民来完成生产丹丸流程中的各项工作。想要让炼丹炉保持高效率的丹丸生产，玩家就需要保证林场和烧炭厂的产量能够跟上炼丹的消耗速度。一个满级的炼丹炉在进行最高档位的炼制丹丸任务时，会瞬间消耗大量的木炭资源，如果这时候城市的木炭库存不足，生产丹丸的任务就只能停下来了。
在建设炼丹炉之前，建议在同一片区域或相邻的地块内，至少建造两座高等级的烧炭厂，并确保有像董其昌或者沈括这样制造属性加成很高的角色工作。当玩家在进行丹丸生产时，选择最高等级的生产任务是收益最高的，虽然单次消耗的时间较长，但在有天赋加成的角色加成下，生产出来的丹丸和额外掉落的资源都是很多的。
想要生产大量的丹丸千万不要忘记了给炼丹炉进行升级，很多玩家在前期资源紧张时舍不得给炼丹炉升级，但是三级以上的炼丹炉在产出丹丸量上是会有明显的提升的。在升级炼丹炉时需要消耗大量的资源，到了需要升到最后一个等级的时候，甚至需要玩家消耗补天石才能进行升级。当玩家把炼丹炉升到满级，也就是五级的时候，生产时间会大幅缩短，单次产出的丹丸数量会非常多。如果玩家发现丹丸的产出速度慢，一定要看一看当前负责生产的角色是否佩戴了合适的珍宝。像缚龙索或者是青铜爵这类能够增加特殊居民制造属性的珍宝，可以直接让玩家炼丹效率提升百分之三四十。不要舍不得那点强化材料，把这些珍宝喂到满级后再去炼丹，就会发现仓库里的丹丸数量涨得很快。
在游戏的中期，丹丸最主要的作用就是作为建筑升级的材料使用。特别是像琉璃宝塔这种大型奇观建筑，在升级的时候经常需要消耗几百个丹丸才能完成。如果玩家这时候的丹丸数量不足，整个城市的建设节奏就会被拖慢。玩家在平时即使是不缺丹丸，也要让炼丹炉保持丹丸的生产，在后续建设城市时基本都是要用到的。丹丸在驿站探险中也是非常重要的道具，某些特定关卡的NPC会要求玩家提供丹丸来换取剧情道具，如果玩家在探险前没有在应天府或苏州府准备好足够的丹丸，可能就得被迫中断探险回城补货，非常浪费体力。
