想要拿到初代的御三家，也就是妙蛙种子、小火龙和杰尼龟，玩家必须要打到大后期的最终通关阶段才行。玩家需要按照主线剧情打通城都地区的八个道馆，接着去石英高原击败四天王以及冠军渡，成功坐上冠军宝座并看完第一次通关的制作人员名单。接下来玩家必须通过码头坐船前往关都地区，挨个挑战完关都地区的全部八个道馆，把关都地区的八个徽章也全部拿到手。
当玩家手上凑齐了城都和关都两个地区的全部十六个徽章后，玩家需要前往真新镇的左边通过二十八号道路进入白银山。在白银山的最高最深处的雪顶上，玩家会遇到初代的主角赤红，他的精灵等级全都在八十级左右，那只皮卡丘甚至高达八十八级。玩家必须组出一支强力的高等级宝可梦队伍，在白银山顶击败赤红，战斗结束后会再次播放一次制作人员名单。
经历完击败赤红的二次通关后，玩家会重新回到老家若叶镇，这时候玩家就可以直接使用飞翔术或者步行前往关都地区的真新镇去找大木博士要御三家了。进入到大木博士的研究室后，直接走到大木博士面前与他进行对话，大木博士会夸奖玩家完成了一项了不起的成就，并且会说为了奖励玩家，他准备了关都地区的御三家宝可梦让玩家挑选。这时候大木博士身边的桌子上会摆放出三个精灵球，这三个精灵球里就装有妙蛙种子、小火龙和杰尼龟这三只初代御三家宝可梦，需要注意的是玩家只能从这三个里面挑选其中的一个，没法三只全部都拿走。
