差分宇宙是游戏内一个常驻的肉鸽形式玩法，内置各种各样的方程体系，根据方程上需要的祝福选择对应命途的祝福，以此来激活方程，最后方程会给自己的队伍带来增益。方程有3星到5星，每个方程激活所需的辅助类型和数量都不一样，根据自己的队伍类型选择合适的方程才能更加轻松的通关。在差分宇宙里所有的角色都是可以用的，通关之后会获得拟合值，之后不断的提高宇宙内的等级，等级越高通过的难度越大，最后的奖励也会逐渐提高。
差分宇宙分为三个位面，每到一个位面就会有一个首领区域，打败首领就能前往下一个位面，一直到最后位面的最终boss。该模式内分为多样的选择，有普通的战斗区域，胜利后可以得到祝福，遭遇区域的战斗会更加难一点，不过祝福的等级会高一些，事件区域会有1到2个事件选择，不同的事件会触发效果，一般来说属于安全区域。冒险区域是属于小游戏，完成里面的小游戏可以得到祝福和奇物等，首领区域就要直接面对首领boss了。
在每个首领区域内还有可以改写方程、改写祝福的效果，奖励区域就是单纯的获得祝福或者碎片奖励。差分宇宙对于队伍体系完整的玩家来说没有一点难度，祝福和方程随便选都能通过。在通过后可以将此次通关的配置保存下来，之后可以用于刷指定的内圈遗器。这个模式的核心目的就是给玩家一个常驻消遣玩法，里面包含了大量星琼奖励和培养资源，用来快速刷遗器也是很方便的。通过版本的更新还加入了加权奇物、昼夜交替等机制，同时奖励也有提高，不过想得到所有的资源还是挺费时间的。
