建议玩家尽早把每个城市的仓库升到满级，这样能保证基础物资的存储上限，减少因为爆仓导致的资源浪费。虽然升级过程需要消耗一定的资源，但哪怕是在游戏前期也要尽可能地攒出资源升级仓库，后续随着城市的发展，一些材料的产出非常容易，不要为了省这点材料而导致爆仓。最好把仓库分散建在生产建筑附近，这样能减少居民在运输物资时的路程，虽然游戏里居民走路的时间消耗并不算非常长，但积累下来也是能节省很多时间了。玩家可以把仓库设置在靠近码头或者大批量生产物资的区域，尤其是把存放农作物的仓库放在农田和制衣厂中间，把存放工业原材料的仓库放在铸钱所和木材厂附近，这样能让生产效率达到最大，尽量减少路上消耗的时间。
不过松江府有南仓和北仓这两个特殊建筑，南仓和北仓的存储能力远超普通仓库，一级就能达到一千格的容量，到了松江府一定要优先开启并升级这两个仓库。北仓的等级还会影响到倭寇入侵活动的奖励，建议优先把它升到五级，南仓升到四级基本上就足够日常使用了。而松江府原本的普通仓库，升到三级就已经完全够用了，没必要把它升满，把材料留给更重要的南仓和北仓升级，等到游戏大后期完全不缺资源后再去升级松江府的普通仓库。
玩家可以利用盐商来突破仓库的容量限制，盐商不仅是一个运货的方式，在玩家通过盐商运输物资，这些物资在运输过程中是在仓库存储之外的。在起点和终点不同的情况下，玩家可以把一部分物资通过盐商运出去，从而腾出仓库空间，这种方式比单纯依赖船运要更加合适。盐商的速度更快，而且可以无视目标州府的仓库容量限制，最多能存放三倍于目的地仓库容量的资源，在需要跨城市大量分配资源时，这个手段就能起到非常大的作用。
最好不要把仓库装满，尤其是不要把每一个格子都填满不同种类的资源，一定要让仓库留出一部分空闲的格位。在进行城市生产任务或者接取订单时，如果仓库已经达到了上限，玩家就无法完成这些任务，甚至会导致生产出的成品直接因为没地方存而作废。对于菜肴、木材、布匹等一些日常消耗量很大的基础物资，建议始终在仓库里保持一个合适的数量，当数量低于一百时一定要及时进行生产补充，数量太多时也要及时进行生产区消耗它们。
