自然灾害是核心机制之一，这些事件随机发生，影响城市发展和地块产出。洪水通常出现在河流附近，爆发时会造成人口流失和建筑损坏，但之后地块食物和生产力可能提升。要是城市位于泛滥平原，需要建设堤坝防护，但每个河流只能修一个堤坝。火山爆发在火山口附近常见，喷发前系统会提示冒烟迹象，可能损失人口却改良地块肥沃度，适合后期利用。林火可以人为点燃或自然发生，烧毁树木后地块食物和生产力会永久提高，是提升产能的有效方式，但要注意控制范围避免蔓延失控。
风暴如龙卷风或飓风多出现在沿海地区，破坏建筑和单位，可以优先将城市建在丘陵上获得防御加成来减轻影响。干旱不会导致人口死亡，但减少食物产出，需要储备粮食或建设农场改良设施应对。海平面上升是长期威胁，随着二氧化碳排放量增加而加剧，淹没沿海地块，需要减少工业区排放或提升生产力修复被淹城市。河流、火山和海岸线易发灾害，选址时要避开高危区，优先选择水源充足且有丘陵防御的位置。
建设防护设施如堤坝和城墙可以降低损失，但堤坝数量有限制需要合理规划。利用灾害后收益是关键，例如主动点燃林火或接受火山喷发后的肥沃地块，提升食物和产能但要平衡风险。单位如侦察兵在灾害中可能免疫效果，可以派遣探索高风险区。气候变化机制要求控制碳排放，减少工厂建设，转向绿色能源以避免海平面上升恶化。
