一个城市因忠诚度降至0而脱离原帝国后会转变为中立的自由城市，占领这样的城市主要有两种方式，军事征服或施加忠诚度压力使其自愿归附。自由城市会生成自己的防御单位，需要击败它们并攻破城防。攻击时使用远程或攻城单位削弱城市生命值，但最终必须由符合条件的近战单位进入城市中心格来完成占领。为了更有效率可以对城市实施包围，只要城市中心所有可通行地块均处于己方近战单位的控制之下，该城即被围困其生命值将停止每回合自动恢复，这能加快攻城进程。
另一种方式是通过忠诚度压力和平吸纳，自由城市会持续受到周边文明施加的压力。要让城市倒向自身必须成为其最大的压力来源，提升压力有多个途径，在附近建立人口众多的大型城市，人口规模直接决定压力强度。派遣拥有忠诚度加成能力的总督例如维克多前往邻近城市，确保处于黄金时代，而目标城市原所属文明处于黑暗时代，这会产生巨大的压力差。当施加的忠诚度压力持续压倒其他来源，城市便会自愿加入帝国。新获得的城市忠诚度基础非常脆弱极易再次叛乱，必须立即采取稳定措施，指派总督是最快提供大量忠诚度加成的手段。
尽快修复或购买建造纪念碑，它能提供稳定的忠诚度产出。在城市中驻扎一个军事单位，也能提供即时的忠诚度支持。同时要关注城市的宜居度，快乐的市民更忠诚，可以通过奢侈品和娱乐设施来改善。如果城市仍处于包围原文明的强大压力下，短期内需要依靠驻军、总督和纪念碑来维持，长期则需要在附近建立自己的高人口城市来对抗压力。
