在骷髅洞穴中探索期间必定会遭遇到的怪物有六种，首先就是毫无攻击性的甲虫。甲虫的外观与矿井中的臭虫是一致的，这类怪物只会以直线形式来回位移。在其来回位移的路径上会对贴近的目标造成一次碰撞伤害，并且使用任何武器以及炸弹都无法将甲虫击杀掉，只能使用已经附魔虫子杀手的武器才能将其杀掉。由于甲虫在死后掉落的物品与苍蝇一样，所以在探索骷髅洞穴期间没有必要刻意杀甲虫。第二类怪物就是史莱姆，史莱姆分为小型以及大型两种。其中只有将大型的史莱姆怪杀掉之后，才有可能捡到怪物死掉后掉落的史莱姆泥。
这里需要注意有一些大型史莱姆的肚子中存在粉红蛋糕，将这些特殊史莱姆杀掉后，对方就有百分之七十五的固定概率分裂成两到四个随机数量的小型史莱姆怪。这些小史莱姆的专属掉落物更为复杂，一只敌怪在死掉时有百分之十的固定概率掉一到三块煤炭，百分之八的概率掉一块铱矿石。此外还有百分之一不到的极低概率掉一个铱锭，最后还有百分之0.5的超低概率会掉一个红叶卷心菜的种子。紧接着会遇到两种怪物就是木乃伊以及石碳幽灵，这两种怪物只会出没在木乃伊层。其中的木乃伊怪具有极高的独立血条以及攻击力，将其杀掉后有二十百分比概率会掉布料，同时有百分之九十九高概率掉一个太阳精华。
当然木乃伊怪在死掉同样有概率掉一个红色卷心菜种子，布料可以直接售卖成上千金，而太阳精华就可以作为制作超级炸弹的原材料。使用普通的武器只能将木乃伊怪给击倒，当其倒下之后等待十秒就会以满血状态复生。所以当前将木乃伊怪彻底杀掉的方法只有两种，第一种手段就是将其击倒后扔出炸弹就可以利用爆炸伤害将其杀死。第二种方法就是先在角色使用的武器上面附魔十字军，这样在攻击木乃伊怪时就可以将其强杀掉。
石碳幽灵怪是骷髅洞穴全怪物图鉴中唯一会飞的，这类怪物在被杀掉后有百分之九十九的固定概率掉一个万象晶球，其次还有百分之十的低概率掉一个精炼石英。接下里在探索到骷髅洞穴的二十六后就遭遇到铱蟹，铱蟹自带非常厚的独立血条。将其杀到之后又五十概率可以收获到一瓶蟹黄膏，并且在其被杀死时有三次掉落铱矿石的判定。每次进行掉落判定时都有一半概率会掉一个铱矿石，所以在大后期频繁杀铱蟹也是一种高效率积攒铱矿的手段。在下到骷髅洞穴的二十六层之后，同样遇到的铱蟹都会伪装成铱矿的外观。最后一种遇到的怪物就是蝙蝠，在五十层之前遇到的都是熔岩蝙蝠，过了五十层之后遇到的都是铱蝠。将铱蝠杀掉之后就有百分之的概率会掉一个电池组，并且有四次掉落铱矿的概率判定。
