在拥有间谍之后就可以将该单位派遣到三个地方，也就是自己所在的城市、城邦以及其他文明的城市。如果将间谍派遣到自己所在城市的话只有一个作用，那就是完成间谍任务中的反间谍。将间谍派遣在某一个单元格之内，随后就可以对所在单元格以及周围一个格子的单元格进行持续的反间谍活动。如果此时有其他领袖派出的间谍在自身的反间谍任务内执行任务的话，则对方的行动等级就会被强制降低一级。由于间谍在派遣出去之后能够进行反间谍活动的有效覆盖范围太小，所以这里不推荐在自己的城市内部派遣间谍。
只有在大后期实现科技胜利飞天的前提下，可以派出间谍对自身的航空中心实施反间谍活动。如果把间谍派遣到城邦中的话，可以使间谍自动进行捏造丑闻的活动。这样就可以使城邦里除了自身外的其他使者拥有数量最高的三个文明，立即失去三个可利用的使者。在后续对间谍等级进行大幅提升之后，还能够继续增长其他文明的使者损失数量。所以在中期可以将间谍派遣到城邦中，这样就有利于后续的城邦宗主国竞争。最后就是在其他文明的城市中派遣间谍，此时就有四种不同的间谍任务可以选择进行。
第一个间谍任务就是获取信息源，派遣出的间谍将该任务做完之后，在接下来的二十个回合内继续进行其他间谍任务的话，就可以大幅提高这些间谍任务的成功概率，但对于高等级的间谍来说没有任何作用。第二个可以进行的间谍任务就是偷窃巨作，该任务的主要目标就是派遣间谍从其他文明的城市中将巨作堂吉诃德偷出来。最后一个需要在其他文明进行的间谍任务就是骚动扰乱，将敌人的忠诚度降低二十点就可以顺利将此间谍任务给做完，在升级间谍时可以选择进行该任务。
当你所在的城市或者其他文明城市存在间谍时，都有通过招募游击队员来对敌我双方的社区进行破坏。这些被招募出的游击队员通常都是目标城市最新科技兵种的野蛮人，在后期如果你的城市中无缘无故出现了大量的坦克野蛮人，就说明其他文明的城市已经在你的城市内派遣出了间谍，可以立即在指定单元采取反间谍活动。
