进入晶洞区域需要先找到位于主城东边的团结阳光号飞船，或者寻找地上发光的晶洞传送门。也可以通过天柱系统直接传送至晶洞星球，完成这一步骤后一系列关于晶洞的专长任务会自动开启，跟随任务指引能够初步了解这个新区域的基本情况。进入晶洞主城寻日者尖塔后，可以找到通往晶洞洞穴的传送门。晶洞洞穴内部构造复杂，分为多种不同环境，例如月光石窟、沉没日库和鲜绿脉络，每种环境产出独特的资源。
所有洞穴都采用分层设计总共包含5层，需要通过气闸才能进入更深区域。在洞穴中探索时，需要注意独特的氧气系统，它被称为命气，决定了在洞内活动的有效时间。一旦命气耗尽，探索将面临危险。为了延长探索时间，可以升级晶洞适应系统模块。另外洞穴中禁止使用坐骑、翅膀和宠物，也无法使用攻击性技能，只能依靠模块与环境和生物互动。模块装备是晶洞探索的核心工具。万用工具是必备的采集模块，用于开采晶洞方块。攀爬爪能够帮助抓住地形实现快速位移。火箭靴可以实现悬空移动，抵达平常难以到达的位置。
探测器能够显示隐藏在地下的水晶和矿石位置。路径画笔可以标记行走过的路线，并且在已标记路径上移动会获得速度提升。这些模块都可以通过收集材料进行升级，升级后效果会更加明显。晶洞中的生物通常处于和平状态，它们可能会有各种需求，比如受伤需要医疗箱，饥饿需要喂食肉类，或者寒冷需要毯子。满足这些需求可以获得水晶、小水晶箱作为回报，甚至有几率获得伙伴蛋。圣物箱是另一种重要资源，通过帮助洞穴生物充满能后，可以带回晶洞主城的圣物解析台打开获得奖励。
伙伴蛋可以在晶洞主城的宠物孵化台孵化，不同稀有度的伙伴能提供不同的增益效果。所有伙伴都能增加命气，高级伙伴还会提供额外加成。晶体科技是在晶洞大厅中的一项新专业，通过收集洞穴中的材料升级，可以制作帮助探索的物品、特效方块甚至空间扩展币。在探索过程中会遇到各种资源点和隐藏区域，例如巢穴入口，里面通常储存着大量资源。建议根据需要选择探索方向，紫色传送门通向月光石窟，橙色通向沉没日库，青色则通往鲜绿脉络。前期重点升级关键模块，积累足够资源后再尝试进入更深层区域，这样能够更顺利地在晶洞世界中获取资源。
