特殊药水与正常的功能性药水存在较大差别，最开始可以使用晃菊加上松脆蜂蜜块制作出钓鱼药水。当然也可以在渔夫入住进来后与其交谈，并在接取到对应的渔夫任务后将其做完，这样就可以从任务奖励中收获到一瓶钓鱼药水。这种特殊药水的使用效果就是为角色提供十五点渔力增长，这里的渔力增长效果拥有十分钟的维持时长。第二种特殊药水就是声呐药水，声呐药水的制作配方为晃菊加上珊瑚，也可以从渔夫任务的结算奖励中拿到手。
给角色用掉之后就可以显示出即将钓出鱼的名称，在血月事件持续期间如果从海洋中钓到钓鱼怪的话，则其名称就会变更为深红色，利用声呐药水的特性就可以快速挑选出所需要的鱼获。紧接着可以获取到的特殊药水就是宝匣药水，其制作配方就是月光草加上寒荆棘以及晃菊。给角色喝下一瓶宝匣药水之后，在后续的四分钟之内就可以大大提升钓到各种匣子的基础概率。这样就可以将一天之内钓到的匣子数量提高一大截，在各大环境下完全可以将钓到的匣子当做对应黄金宝箱的替代物。
第四种较为实用的特殊药水就是狱火药水，消耗掉一个闪鳍锦鲤再加上两条黑曜石鱼就可以将一瓶狱火药水制作出来。这两种鱼类材料都需要从岩浆中钓出来，给角色喝下一瓶狱火药水后就可以看到在本体周身出现了一个大型火环。这个火环在接触到任意敌怪时，都可以对触碰目标造成极为出色的狱火伤害。尤其是在挑战肉后的boss猪鲨时，就可以在进入到boss战之前给角色喝下一瓶狱火药水，这样就可以在实战中将其召唤出的小泡泡全部烧掉。
其他的特殊药水在使用之后不会提供任意加成所以，比如使用太阳花以及镜面鱼制作出来的回忆药水，在喝下去之后可以立即使角色返回到当前世界的初始出生点中。其次就是制作配方为火焰花加上混沌与的传送药水，这种特殊药水也可以从洞穴层中自然生成的宝箱内开出来。使用之后会立刻进入到短暂的黑屏态，过完黑屏之后角色就会出现在任意地图中的随机位置。这些随机位置包含所有可以站上去的地方，并且不会将人物传送到岩浆池内。
