舰船升级使用的是任务里捡到的样本，分绿色普通样本、橙色稀有样本和粉色超级样本三种，外加申购单。绿色样本所有难度都能捡到，橙色需要挑战难度以上，粉色只在极端难度以上出现，难度越高一趟能捡到的数量上限就越高。升级入口在舰船管理菜单里，六个部门分别是爱国者行政中心、轨道炮、机库、舰桥、工程部和机器人车间，每个模块必须按顺序解锁，越往上花费越贵。第一项最值得投入的是爱国者行政中心的捐赠许可，只需要六十个绿色样本，没有前置条件。
它的效果是所有支援武器落地时直接满弹匣，榴弹发射器从一个弹匣变成两个，磁轨炮从十发变成二十发，轻机枪从两个弹匣变成三个。主力用天鹰号的，先去机库解锁液冷座舱，天鹰号战略配备冷却时间减半，空袭和五百公斤炸弹的可用频率会大幅提升，这是单模块里收益最大的一项。偏爱轨道轰炸的，舰桥的瞄准软件升级只需要六十个绿色样本，所有轨道战略配备的部署时间缩短一秒，打冲锋中的泰坦虫时这一秒往往就是生死差距。
喜欢炮塔和防御工事的，工程部的动态追踪把炮塔部署时间砍掉近一半，合成补充再减少百分之十的冷却，两个模块搭配起来哨戒炮的覆盖效率会有明显改善。升级需要的申购单主要靠完成任务主目标、清理巢穴或前哨站、完成支线目标以及全员成功撤离来累积，高难度任务会给百分比加成。
