神兽秘境是获取神兽碎片的核心途径，只有主角的等级达到三十级之后才能开启神兽秘境。解锁神兽秘境之后再主页面就可以找到与之对应的图标，点击之后就可以进入到神兽秘境的挑战页面。每天都有三次免费的挑战次数，如果你的VIP等级达到三级，那么每天都会额外增加两次挑战机会。每次进入到神兽秘境的挑战地图都需要用掉五十点体力，并且还需要额外消耗掉一个神兽令牌。
神兽秘境一共分为普通、困难以及地狱三种难度，每次挑战都会从当前层数的第一关开始，失败之后通关进度就会中断掉。在该副本中可以将角色切换至自动战斗模式，但是该战斗模式下会优先锁定关卡中的弓兵发动进攻，当然也可以调整为手动操控角色进行挑战。在神兽秘境中同样存在属性克制的机制，所以在交战之后可以先观察敌方阵容的属性，然后针对该属性选择带有克制效果的角色打输出。
通关每一层都可以立刻获得对应数量的神兽碎片奖励，同时还会结算大量的经验值以及金币作为附带奖励。在每次通关之后都会进行最终的评级，当评级达到三星之后就可以将这一部分的关卡纳入扫荡区域。只需要消耗掉同等的体力以及神兽令牌，就可以高效率的刷取神兽碎片。凑齐指定数量的神兽碎片之后，就可以在神兽秘境的兑换商店中换到神兽。
