装备通灵兽只要从主页面进入到通灵系统页面，从这里可以看到自己已经获取到的通灵兽，选择自己最心仪的那一个并将其设置为召唤形态即可。而每一场战斗都最多可以设置三个通灵兽来做召唤，玩家可以依照目前的忍者配队来做通灵兽的搭配，也有一些剧情上的关卡需要特定的通灵兽才更好通关，因此在打斗之前可以做好综合考量。平时最好的方式是将最常用的几个通灵兽设置为召唤状态，方便随时进行战斗，在培养时也将这几个通灵兽作为主力养成。
平时可以通过参与任务、活动或是积攒通灵兽碎片来获取到一些比较基础的通灵兽，比如忍犬这种，在前期通过主线任务指导通灵兽系统的应用时就已经拥有，后续只要通过继续完成任务或参与其他玩法来获取养成材料即可。相对来说高端一些的通灵兽就可以通过抽取通灵卷轴和其他路径来获取，通灵卷轴的歪卡率稍微高一些，但很容易开出极品。有一些活动限定的强力通灵兽则可以直接通过充值来进行购买，还有一些特定的挑战会给玩家试用或挑战通灵兽的机会，完成即可获取。
在拿到通灵兽之后一定要注意三种资源，它们分别为铜币、声望、通灵兽碎片。平日里的升级需要消耗一定量的铜币和声望，但其等级提升，基本属性和技能效果就会变强，就像角色升级一样并且成本较低，若非碍于等级限制全都可以直接养到满级。通灵兽存在等级上限，在达到上限时就需要消耗碎片或卷轴来进行升星，升星之后等级上限会打破并提升品质，获取更多的属性加成，卷轴是通灵兽万用的升星素材。品质比较好的通灵兽还自带觉醒功能，通过消耗资源进行觉醒可以改变现有技能效果，产生更好的收益。
在实战中搭配通灵兽就要依照其特殊效果来做具体考量，通常通灵兽的几个作用分别有控制、输出打衔接等等，因为火影的对战系统很吃连招，只有对对手做控制和连续输出才能打出比较高的伤害，平时的操作都属于磨血。因此选择蛤蟆仙人和蓝蛇这种打浮空效果的通灵兽，基本可以实现快速连招甚至是衔接着打出第二套连招，还有像猿魔这种直接增加普攻进行追打效果的通灵兽，更是契合忍者攻击的逻辑，能够直接控住对方，考验手法。
