副将科技是在等级达到120级之后挑战曹真，将其打败之后得到的。玩家想要对其进行研究就必须先取得，取得之后进行研究，在原有的配将位置里开启额外的第五个武将席位，它就是副将位，玩家可以在酒馆里对该位置的武将进行招募。可招募的范围与之前一样，包含玩家挑战过解锁的所有武将，每次重新进行招募时可以对其进行更换。
副将虽然也是武将，但其有着主将所拥有的大部分待遇。只是必须要在所有武将里选择一个作为副将的带领武将，被选定的武将战斗时会有五排兵，比起原本的兵力多上一层，固定最后一排为副将部队，其可以释放战法，但对于兵力同样存在要求，只有兵力满时可以释放。其他的装备、宝物和招募兵以及进度条这些内容全都和主将进行区别，副将的所有内容都需要玩家像单独武将一样进行搭配，独立计算，只有加速募兵的时间是双方一样的，加速时要进行双人兵力数量的募兵令消耗。
副将科技所解锁的第五个武将槽位也并非永久的，因为它始终要捆绑在主将的身上，但后续玩家将等级提升到150级，这时的玩家可以解锁珍宝系统，并执行第五个珍宝的修复任务，只要在丝绸之路集齐珍宝碎片，将其修复完好，第五个武将槽就会彻底解锁。从这时起，副将科技得到提升，该位置的武将无需作为副将，可以独立成为第五名武将。
