在尼比市的右上角有一座科学博物馆，前往这座博物馆时不要从正门进去，从正门进去需要支付五十元的门票钱，并且无法进入展厅后方的研究区域。玩家需要沿着博物馆外围右侧的小路往北走，可以看到一棵需要使用秘传技能居合斩才能砍掉的小树苗，使用学会了居合斩技能的宝可梦将小树苗砍倒后，玩家就可以顺着小路走到侧门并进入博物馆的后门。
进入博物馆的后门后，玩家会在房间里的展柜前看到一名研究人员，走上去与这位研究人员对话，他会向玩家介绍展示柜里存放着的琥珀，并在对话后将这个名为秘密琥珀的道具赠送给玩家。拿到秘密琥珀后，玩家是无法在背包里使用它的，用得到它的地方是红莲岛，玩家需要将其送到红莲岛的研究所里去。
前往红莲岛需要玩家在浅红市向南使用秘传技能冲浪经过十九号与二十号水道，或者从真新镇向南通过二十一号水道到达。到达红莲岛后前往位于岛屿左下角的宝可梦研究所，进入研究所后走进最右侧的第三间房间，里面有一位站在机器旁边的研究人员。与这个研究人员对话并选择将秘密琥珀交给对方后，玩家需要走出宝可梦研究所，在红莲岛上多走几步再重新进入该房间再次与研究人员对话。研究人员会告诉玩家他已经把秘密琥珀给复活成宝可梦了，对话结束后他就会交给玩家一只化石翼龙。
