拆掉某个占地方或者已经不再需要的建筑可以长按对应的建筑，按住该建筑大约一到两秒钟后，就会弹出一个建筑编辑菜单栏。在这个菜单栏中，玩家需要寻找拆除按钮，点击这个按钮后会弹出一个二次确认的选项，询问玩家是否确定要拆除该建筑，再次点击确认后该建筑就会从玩家的基地上消失，空出对应的空间给玩家建造新的建筑。
遇到长按建筑没有反应的情况，通常是因为该建筑正处于某种特殊状态，处于升级和合成中的建筑是无法直接被拆除的。这时候玩家需要先点击取消当前建筑的升级和合成，或者等其升级和合成状态结束后再去长按拆除该建筑。主基地大本营、指挥部和某些特殊核心建筑是直接锁定了拆除功能的，这类建筑在菜单栏里根本不会提供拆除选项，玩家只能移动它们的位置，无法将其拆掉。
玩家在解锁新区域的地块时，地块上通常会有着大量的树木和废墟等障碍物。拆掉这些阻碍玩家建造建筑的障碍物需要用点击那个障碍物，点击后会弹出一个带有资源消耗和时间的面板，上面会明确标出拆掉该障碍物需要消耗的资源数量和需要等待的时间。点击面板上的确认按钮就会自动派基地工人前往拆除，等待倒计时结束或者使用加速道具秒掉后，该障碍物就会被玩家拆除，原来的土地就会变成可以随便建造建筑的正常地块。需要拆除联盟建筑时，必须由联盟的盟主或者拥有管理权限的官员来拆除。盟主或者管理人员需要在地图上找到对应的联盟建筑并点击它，在弹出的管理菜单中点击管理选项，在弹出的页面中找到拆除建筑按钮。点击后同样会触发二次确认，确认后就会将该联盟建筑拆掉了。
