进入主线任务内战的大厅后，女王会出现在房间中央，同时会召唤出两个赤毒禁卫。赤毒禁卫处于无敌状态，用战甲攻击无法造成伤害，这时候玩家需要按数字5键切出指挥官形态。看到赤毒禁卫冲过来或者准备使用赤毒长枪攻击时，按住蹲伏进入虚空模式躲开攻击，朝着赤毒禁卫的方向按跳跃键使用虚空冲刺直接撞到赤毒禁卫身上。虚空冲刺命中后可以解除禁卫身上的赤毒护盾，并让它进入短暂的瘫痪状态。赤毒禁卫被虚空冲刺撞瘫后，玩家需要马上对着它按E键使用虚空爆破，把它手里的赤毒长枪打掉。
禁卫丢掉武器倒地后无敌效果就会消失，这时候切回战甲使用主武器或者近战武器进行输出就行，直到把它的血量打空。清掉两个赤毒禁卫后女王会启动房间中央的那个装置，房间里会出现激光和旋转机关。这个阶段不要一直站在地面上硬扛伤害，玩家可以用指挥官的虚空模式躲避攻击，也可以移动到大厅四周的柱子和高台上。看到红色激光扫过来的时候按住蹲伏进入虚空模式躲避激光，同时不断观察大厅四周连接中央装置的管道。
大厅周围一共有四根管道，战斗时会有管道的连接位置亮起红光，并露出内部的核心。看到其中一根管道亮红光后，玩家需要切换到指挥官形态，面对发光的核心使用虚空冲刺，直接冲过核心就可以破坏这根管道。破坏一根管道后不要停在原地，继续用虚空模式和跳跃进行移动，同时等待下一根管道亮起红光。按照同样的方法把四根管道全部破坏掉，女王的防护罩就会被解除。
四根管道全部摧毁后女王的机械防御就会失效，中央装置也会坠落到地面上。这个时候玩家需要切换到指挥官形态，靠近失去防护的女王。等她使用权杖进行攻击时，对着女王按E键使用虚空爆破，就可以把她手里的权杖夺走。权杖被夺走后女王就无法继续反抗了，玩家会进入最后的剧情选择阶段，在最后的剧情中会出现三个不同的选择。这三个选择选哪个女王都会死，但是不会影响主线任务内战的通关结算，也不会影响玩家后续解锁赤毒要塞地图，玩家可以根据自己想要的剧情选择来决定女王最后怎么死的。
