卫戍协议可以通过每回合获得的金币，购买干员和装备，干员之间是可以凑羁绊提高干员的战力，战斗就是防御敌人的攻势，击败最终boss就能通关。玩法还分为两种模式，一种是可以我独自模拟的独立模式，另外一种则是可以找队友帮忙的同盟模式。可以支持2到4人联机。游戏开局首先要选择分队，开局选择的分队完全可以按照自己的想法去运营，也可以看发牌员哪种牌给的多来选择，没有特别固定的模板，不过由于是共享牌库，联机情况下可能会出现都玩一个分队，导致互相卡牌的情况，尽量别拿队友的关键牌。
缺少的干员可以由系统提供原型干员补位，或借用最多20名助战干员填补，自身持有干员优先出战并获得额外养成加成，潜能等级以自身持有状态为准。第五、六阶各有2个甄选槽位，能选择自身6星干员加入作战位数。卫戍协议的运营套路围绕升级商店，购买干员和装备以及从盟约展开。每回合开始的休整期，可以获得回合数加2的金币，购买干、升级商店、放置干员等，进战斗后清零。
消耗资金可以升级调度中心，扩容的同时，最高还能刷出对应等级的干员和装备，但需要注意一般情况下金币不用完就会消失，是高速升本还是抓取干员，我们需要合理规划。我们可以用金币来购买干员和装备，凑高盟约和升阶来提升战力。三个初始干员合成一个精锐干员，不仅面板属性获得增加，技能等级也获得提升并开启模组，同时临时刷新三名更高阶干员可以免费选择。
