祸源宝箱全部集中在任务的后半阶段，在祸源任务的前半阶段玩家都在神仙渡的家中，这时所要做的事情只有与黑衣人进行战斗和突破重围，跟踪黑衣人，全程并没有任何自由活动的机会，路途之中自然也没有宝箱可以进行开启。但等到后面与黑衣人打斗完去到暗道，在这里跟随伊刀寻找暗道出口的过程中会出现很多的宝箱等待玩家去开启。
这时玩家可以不着急跟随伊刀，因为他在超出玩家的视野范围之后就会停在预先设置好的剧情节点处，玩家在走路时可以先将目标放在暗道当中的宝箱。基本在每一个需要打怪或是交互的节点里都有一个宝箱，屏幕上会有宝箱的标识作为指引，玩家也可以直接看。在第一次打梦傀的位置有一尊大佛，它面前的案牍上躺着一具尸体还有一个小匣子，它算是一个宝箱。后面玩家跟随任务指引的玩家前行，路上有一道需要推开的门，在它旁边还有一个等待开启的宝箱。
包括后面伊刀被锁起来，玩家需要去寻找解救他的方法，在拐角的角落位置还有一个宝箱，后续整个任务过程基本是以宝箱作为线索的。凡是存在关键线索，包括佛像机关、后续道路的位置都会有宝箱等待玩家开启。但这里的宝箱因为是任务过程中才有的，所以相较于大世界的各种宝箱就没有很珍奇的奖励，无非就是一些铜币资源，直接无视也没关系。
