内功是角色成长与战斗体系的核心，它可以提升气血内力上限增强攻防属性。初期从师父无瑕子处学到的逍遥心法是第一本内功，它的属性加成较为基础，主要作用是帮助熟悉内功修炼过程。当养成模式进行到第一年十一月，可以在商店购买东方宝典。这本内功提供的防御加成在前期相当可观，能够有效提升生存能力，是替换逍遥心法的首选。在第二年二月上旬基本属性会决定下一本内功的获取，要是所有基本功均达到60以上，师父会传授小无相功，要是未能达标则会得到日月神功。小无相功适合搭配拳掌类武功，形成强力的反击流派。
日月神功则提供均衡的攻击与防御加成，是一种稳妥的过渡选择。通过完成忘忧谷仙音或丹青的剧情，可以获取天龙八部功，它拥有当前最高的气血和内力加成。对于追求极致攻击的路线，在第三年十一月商店刷新的残花宝典是关键目标，它提供惊人的攻击力加成。倾向于防御的路线，则可以通过特定剧情获得禅宗莲花功，它拥有最高的防御加成。这些顶级内功的修炼需要大量时间，通常无法全部练满，需要根据规划的武功流派做出取舍。内功的运行效果与外部武功的搭配也很重要，例如残花宝典的连斩效果与拥有范围攻击能力的武功结合，可以造成清场般的连锁效果。
小无相功配合螳螂拳等武功，可以构建出几乎每回合都能触发、且伤害可观的反击体系。天龙八部功的全面属性增强则能适配各种外功套路，在选择时首先明确打算使用的核心武功类型，是剑法、拳掌还是刀法，再选择能与之产生协同的内功。在中期可以根据遇到的核心武功调整内功搭配，一些内功如金雁功虽然直接属性加成不高，但修炼它可以增加轻功经验，对于需要先手权的战斗比较有意义。
