海底废墟是一种会自然生成在海洋生物群系底部的结构，它分为大型废墟以及小型废墟。在任意一种海底废墟的子结构中都可能会生成五个可疑方块，比如在进入到寒带海底废墟之后，就可以观察到可疑的砂砾这种特殊方块。组成这种废墟结构的实心物块有很多种，比如石砖、裂纹、苔石砖以及海晶石等。控制角色游动到这些物品跟前，就可以使用工具将其挖成相应掉落物。紧接着还可以在探索海底废墟期间找到一种橙色木箱子，这种木箱子也就是稀有的战利品宝箱，打开之后就有可能收获到金苹果、钻石以及珍珠等珍稀物品。
在大部分的海底废墟结构中，还会以自然生成形式刷出数只溺尸。这些溺尸的双手会像僵尸村民那样平抬着，同时它们会持续漂浮在海底废墟的海草堆附近。这里需要注意角色无法在水下进行长时间的呼吸，所以在下水之前一定要现在酿造台中制作出水下呼吸药水，给角色喝下后就可以长时间在海水中自由呼吸。
将这类敌对生物击杀掉之后，不仅百分百会掉落五个经验球，还有可能额外掉下爱腐肉、铜锭以及三叉戟。通常在进入到海洋生物群系中都可以发现数条海豚，看到这些海豚后就可以将物品栏中的生鳕鱼拿出来。随后对着其中一条海豚按下使用键，这样就可以在海豚将你丢出的生鳕鱼食用掉之后，主动带着你去寻找距离此处最近的海底废墟结构。
