宝可梦模组相当于完整复刻了一套宝可梦，它带来了全新的生态系统、战斗系统和养成玩法。进入世界首先需要选择初始宝可梦，可以把它当成可靠的伙伴，它会一起度过最艰难的时期。对于新手喷火龙和杰尼龟的组合是一个很稳妥的选择，后期打Boss和日常清怪都兼顾到了。不用太追求那些进化链很长的宝可梦，前期发育稳定比什么都重要。这个世界的探索方式和原版我的世界很不一样，主世界的怪物不再生成了，取而代之的是各种宝可梦在野外自由出现。它们会出现在不同的生物群系中，比如皮卡丘就喜欢待在森林和平原。
在野外看到宝可梦后，走过去就能直接进入回合制战斗。如果想攻击它就从战斗界面选择招式，想收服宝可梦得先把它打到残血，这样捕捉的成功率会更高。在战斗界面打开背包，或者按X键快速选择精灵球就能尝试捕捉了。能用的精灵球种类很多，高级的精灵球需要用树果和金属在工作台或铁砧上合成。有个小技巧是对着野生宝可梦直接右键扔出精灵球也行，游戏里还有很多实用的建筑。宝可梦中心可以免费治疗受伤的伙伴，蓝屋顶的宝可梦商店能买到各种精灵球和药品，找到道馆并挑战馆主就能收集徽章。
还有能进行极巨化挑战的极巨巢穴和提供稀有物品的自然遗迹，和宝可梦正统一样培养也是核心玩法。通过战斗积累经验值，宝可梦会升级甚至进化。进化的条件很多样，可能是到达特定等级，也可能是使用进化石。具体的进化方式可以在游戏里按E键打开物品栏，右键点击宝可梦查看。还能通过携带道具如不变石来控制进化方向，并通过战斗等方式努力提升个体值。
使用宝可梦模组的时候建议开启死亡不掉落，因为跑图时身上会带着很多珍贵道具，不小心丢失了很影响进度。在成为宝可梦大师的路上，不推荐新手一开始看见神兽刷新就去挑战神兽，神兽实力很强并且捕捉概率很低。可以优先把资源花在制作克隆机或天界之笛这些后期关键道具上，究极异兽的难度也很高，等装备好了再去挑战会更稳妥。前期强烈推荐安装JEI模组，它能查到所有道具的合成配方非常方便。
