升级分为角色等级、舰船模块和武器改装三条线，各自消耗不同的资源。角色等级靠完成任务积累经验值自动提升，完成任务后根据主线和支线目标给予经验值、申购点和奖章奖励，难度越高奖励越丰富。目前最高等级上限已经提升到三百级，之前达到过一百五十级的积累经验会被保留并自动换算到新等级表上。大多数战略配备和武器在二十五级之前就全部解锁完毕，等级继续提升带来的额外奖励主要是一些称号和军衔标识。想快速升级就多打高难度任务，难七以上的任务经验加成明显，做个人指令和重要指令也能拿到额外的奖章和经验。
舰船模块是升级的重头戏，使用任务里捡到的样本在飞船管理终端处购买。样本分三种，绿色普通样本所有难度都能捡到，橙色稀有样本需要挑战难度四以上，粉色超级样本只在难度七以上出现，而且每局能捡到的数量有限，一般三到六个。样本必须由自身带进撤离机并成功结算才能入库，捡到之后中途阵亡或者撤离失败都会丢失。
第一项最值得投入的是爱国者行政中心的捐赠许可，只需要六十个绿色样本，效果是所有支援武器落地时直接满弹匣，前期弹药紧缺的时候收益非常直接。轨道轰炸用得多就先解锁舰桥的瞄准软件升级，六十个绿色样本，所有轨道战略配备部署时间缩短一秒。哨戒炮和防御工事用得多就优先工程部的动态追踪和合成补充，炮塔部署时间和冷却时间都有明显改善。
