宝石系统分为宝石、晶石、神石三个大阶段，每个阶段从一级开始，但最终等级不一样。在八十八级第二次击败曹操后，研究完成相应的宝石科技即可开启宝石玩法。宝石的作用是镶嵌在装备上获得属性，但想要镶嵌宝石，必须先开孔。在宝石商人处，可以用镔铁兑换宝石，但是数量较少。而当宝石到达十五级后进行打磨即可变为晶石，晶石共有四十个等级。
初期只能打磨六颗晶石，想要打磨更多晶石，必须凑齐六颗神石。晶石可通过吞噬宝石进行升级，当晶石升级到十五级后，可以激活四个技能。用精炼将四个技能洗成相同的技能后，就可以在晶石二十一级时将其升级为技能石。当晶石变成技能石后，其技能翻倍，且技能会随着技能石等级的提高。
将六个技能石都升级后，会解锁搜刮功能。当技能石到达二十级且右侧技能为相同技能后，使用进化卷轴就可以升级为神石。当集齐六颗神石后，便可获得屠城技能，可以对城池地形进行摧毁，从而占领该城池。屠城这个功能对于国战来说是非常重要的，只要发动屠城即表示拿下对方城池。
想要解锁神石升级，必须通关两次一九一副本。神石最多只能升到十级，需要用晶石作为升级材料。后续在解锁神石强化科技后，打磨晶石就不用花前。如果升级出六个十级神石，便能解锁全地形屠城。
