想要弄到波克比就需要拿到它的宝可梦蛋并将其孵化出来，玩家必须完成一周目的全部主线剧情，在击败关都地区的八个道馆馆主、战胜石英高原的四天王和冠军劲敌后，玩家就可以进入二周目的剧情了。进入二周目剧情后，玩家需要在大木博士处将原本的关都图鉴升级为全国图鉴，拿到全国图鉴后前往一之岛的宝可梦中心，找那里的阿锦对话并协助他开启七岛之间的网络连接任务。
玩家可以从一之岛乘坐游轮前往五之岛，到达五之岛的码头后，玩家需要直接往小岛的左上方走。从海岸边使用秘传学习技能冲浪进入水域，沿着水路一路向左上方游动，穿过一片水域后就能到达一片被称为水之迷宫的陆地。到达水之迷宫的陆地后，玩家会在小岛中央看到一位老爷爷站在那里。当玩家过去与他对话时，他会先判断玩家与队伍中第一位宝可梦的亲密度，再决定是否要将波克比的宝可梦蛋送给玩家。
玩家必须将自己队伍里排在首位的宝可梦亲密度提升到最大值才能从老爷爷手上拿到波克比的宝可梦蛋，只要玩家在通关一周目的时候一直有在使用自己的初始御三家，初始御三家的亲密度肯定已经满了。玩家只需要将自己的初始御三家放到宝可梦队伍里的第一位，在与这位老爷爷NPC对话后就能拿到波克比的宝可梦蛋，将其孵化后就有了波克比。
