如果在PVE的战斗中船只被摧毁，可以通过复原协议、军团修理、信用点等方式修复或替换损坏的舰船。其中使用复原协议是一种可以立即完整复原被摧毁舰船的方法，不仅可以修复舰船上的所有装置，而且舰船的武器和配件都会提升至满修理值。复原协议是一种珍稀的紫色道具，可以通过信用点、活动奖励和克隆体维护等途径获得。但是需要注意的是，普通玩家每天最多只能使用两次复原协议。
如果加入了军团，可以向军团申请修复损坏的舰船。这需要军团的帮助和支持，一个好的军团可能会为成员提供免费的舰船补损服务。但是有的军团会以免费修理为条件骗取萌新加入军团，但是实际上并不会帮助成员修理损毁战舰。所以在选择军团的时候，一定要仔细甄别。第三种方式是在交易中心中直接购买各种各样的舰船。如果舰船被摧毁，需要重新购买的话，可以在交易中心输入对应的名字进行购买。购买需要花费大量的资源，所以建议只购买损毁的配件进行替换即可。
对于部分舰船，如果没有足够的复原协议，可以使用信用点进行修复。这适用于那些不需要复原协议就能用信用点购买的舰船。如果舰船被怪物打死，可以使用T1战列舰的图纸进行修复。这个道具可以直接通过下虫洞、打怪掉落或者直接购买获得。
选择合适的修复方法取决于当前所拥有的资源、所属的军团支持以及当前的紧急程度等的具体情况。在PVE战斗中，如果死亡一次会亏损大量的资源，所以在进入副本挑战之前一定先查看该副本的关情信息，最好不要越级挑战高难度的关卡。
